如何安装GWAS软件包：GAPIT

木槿流年

飞哥推荐：
现在R语言的版本是R4.2.1，这里介绍一下安装最新版的GAPIT如何安装，以及如何运行示例数据，运行处结果。安装前建议，第一电脑用户名需要是英文的，如果是中文的建议新建一个英文的用户名再安装，第二安装最新版的R4.2.1以及Rtoools软件（这个软件单独安装不是R包）。后面我列举了常见的安装错误以及解决方案。

版本情况：


* windows11
*R4.2.1
> sessionInfo()R version 4.2.1 (2022-06-23 ucrt)Platform: x86_64-w64-mingw32/x64 (64-bit)Runningunder:Windows10x64(build22000)
「太长不看版」
在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。
#安装GAPIT软件做GWAS分析if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")1. GAPIT官网

张志武老师实验室的网站：
http://www.zzlab.net/GAPIT/
GAPIT说明文档：http://www.zzlab.net/GAPIT/gapit_help_document.pdf
2. GAPIT安装

「错误的做法」
install.packages("GAPIT")「报错：」
>install.packages("GAPIT")Installingpackageinto‘C:/Users/dave/Documents/R/win-library/4.0’(as‘lib’isunspecified)Warningininstall.packages:package‘GAPIT’isnotavailableforthisversionofRAversionofthispackageforyourversionofRmightbeavailableelsewhere,seetheideasathttps://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages因为GAPIT不在CRAN上面，所以上面命令是错误的。
「正确的做法」
参考说明文档里的用法，在R中，运行下面命令：
source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")就可以安装了。
「注意，这两条命令会下载安装一些包，默认安装就行。下面将解决一些常见的报错。」
3. 安装报错信息

3.1 Bioconductor 用BioManager

载入需要的程辑包：scatterplot3d错误:WithRversion3.5orgreater,installBioconductorpackagesusingBiocManager;seehttps://bioconductor.org/install此外:Warningmessages:1:Inlibrary(package,lib.loc=lib.loc,character.only=TRUE,logical.return=TRUE,:不存在叫‘LDheatmap’这个名字的程辑包2:Inlibrary(package,lib.loc=lib.loc,character.only=TRUE,logical.return=TRUE,:错误:WithRversion3.5orgreater,installBioconductorpackagesusingBiocManager;seehttps://bioconductor.org/install「解决方法：安装BioManager软件」
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")然后再运行命令即可成功：
source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")3.2 LDheatmap包找不到



「解决方法：」
install.packages("nloptr")install.packages("LDheatmap")3.3 snpStats包安装错误

「解决方案：」
if(!requireNamespace("BiocManager",quietly=TRUE))install.packages("BiocManager")BiocManager::install("snpStats")「运行成功，没有报错，说明安装成功！」
>source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")载入需要的程辑包：ape载入需要的程辑包：compiler载入需要的程辑包：EMMREML载入需要的程辑包：Matrix载入需要的程辑包：scatterplot3d>source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")4. 测试GAPIT

#testGAPIT#ImportdatafromZhiwuZhangLabmyY<-read.table("http://zzlab.net/GAPIT/data/mdp_traits.txt",head=TRUE)myGD=read.table(file="http://zzlab.net/GAPIT/data/mdp_numeric.txt",head=T)myGM=read.table(file="http://zzlab.net/GAPIT/data/mdp_SNP_information.txt",head=T)source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R")source("http://zzlab.net/GAPIT/gapit_functions.txt")#GWASwithfivemethodsmyGAPIT_MLM<-GAPIT(Y=myY[,c(1,3)],#fistcolumnisindividualID,thethirdcolumnsisdaystopollinationGD=myGD,GM=myGM,PCA.total=3,model=c("GLM","MLM","CMLM","FarmCPU","Blink"),Multiple_analysis=TRUE)经过一段时间的运行，结束后，我们可以在工作目录中查看运行的GWAS分析结果。
「运行日志：」



「结果文件：」
结果文件在D盘中的test_gapit文件夹中：




「结果预览：」









这个软件很强大，很友好，很值得学习使用！
<hr/>分割线

<hr/>
大家好，我是邓飞，一个持续分享的农业数据分析师，这里我将自己公众号的干货内容挑重点罗列一下，方便大家阅读和使用。


1，GWAS学习教程（快来领取 | 飞哥的GWAS分析教程），这个pdf是我将公众号的内容进行了汇总，更方便从头学习GWAS分析，里面配套了数据、代码和讲解，属于干货推荐的Number 1。

2，农学人如何入门数据分析资料汇总（飞哥汇总 | 入门数据分析资源推荐），里面推荐了免费的教程，包括编程、统计和专业书籍。


3，数量遗传学电子书下载（数量遗传学，分享几本书的电子版）

4，R语言电子书线上书籍推荐（学习R语言这几本电子书就够了！）

想要更好的学习和交流，快来加入飞哥的知识星球，这是一个生物统计+数量遗传学+GWAS+GS的社区，在这里你可以向飞哥提问、帮你制定学习计划、跟着飞哥一起做实战项目，冲冲冲。点击这里加入吧：飞哥的学习圈子

徐政

一直在看